En 1989, Joseph viaja a Japón en busca de la ayuda de su nieto Jotaro Kujo, dado que ambos han desarrollado un misterioso poder conocido como Stand en el momento en el que Dio vuelve a la vida, ahora usando el cuerpo de su ancestro Jonathan Joestar a su voluntad. Como resultado de esto, la madre de Jotaro cae enferma al desarrollar un Stand que no puede soportar dado las condiciones de su cuerpo. Jotaro y Joseph, acompañados de Mohammed Avdol, Noriaki Kakyoin, Jean Pierre Polnareff y el perro Iggy, viajan a través de Asia para encontrar a Dio y matarlo para curar a la madre de Jotaro, luchando contra otros usuarios de Stand enviados por Dio en el camino.